Potrivit unei decizii a Sinodului Bisericii Ortodoxe Române, din 29 februarie curent, orice sancțiune disciplinară pe numele clericilor ortodocși români din Republica Moldova care revin în Mitropolia Basarabiei este considerată „nulă” și „neavenită”. Toți ei sunt „clerici canonici și credincioși binecuvântați”, a declarat patriarhul român Daniel, citat de agenția basilica.ro. „Reafirmăm: toți clericii ortodocși români și păstoriții lor din Republica Moldova care revin în Mitropolia Basarabiei sunt clerici canonici și credincioși binecuvântați, iar orice sancțiune disciplinară îndreptată împotriva lor pe motivul apartenenței lor la Biserica Ortodoxă Română este considerată nulă și neavenită, potrivit hotărârii sinodale nr. 8090 din 19 decembrie 1992”.
Aceste ultime declarații și decizii ale Sinodului BOR reflectă conflictul latent existent de mulți ani între două cele mai mari entități bisericești ortodoxe din Republica Moldova – Mitropolia Basarabiei, aflată sub jurisdicția Patriarhiei Române și a doua, Mitropolia Chișinăului și a Întregii Moldove, aflată sub jurisdicția Patriarhiei de la Moscova. Aceste două entități au apărut în contextul destrămării URSS și a proclamării independenței Republicii Moldova. Însă rădăcinile conflictului se trag de la începutul secolului al XIX, de atunci de când Rusia țaristă a anexat la 1812 partea de răsărit a Principatului Moldovei.
Mitropolia Moldovei ca entitate bisericească națională a funcționat de secole în hotarele politice ale Principatului Moldovei istorice, fiind canonic recunoscută de Patriarhia ecumenică de la Constantinopol, încă la 1401. Doar în urma anexării de către Rusia a interfluviului dintre Prut și Nistru în 1812, această entitate bisericească, Mitropolia Moldovei, a fost împărțită în două părți, după cum a fost împărțit și statul moldovenesc. De o parte, Mitropolia Moldovei și-a continuat existența în partea dreaptă a Prutului, iar în stânga râului s-a format din punct de vedere civil o entitate administrativă – gubernia Basarabiei – iar din punct de vedere religios, în spațiul dintre Prut și Nistru, s-a format o entitate bisericească separată în subordinea Bisericii ortodoxe ruse.
Ca urmare, pentru prima dată, teritoriul de răsărit al Principatului Moldovei a fost anexat la Rusia atât din punct de vedere politic, cât și religios, întrucât expansionismul militar și politic rusesc mergeau mână în mână cu expansionismul religios. În perioada războiului ruso-turc din 1806-1812, Moldova este ocupată de armatele rusești, înființându-se un exarhat dependent de Biserica Ortodoxă Rusă și care supraveghea viața religioasă în tot teritoriul Moldovei ocupat de trupele ruse. Aceasta a fost prima intervenție anticanonică a bisericii ruse în zona de responsabilitate a Mitropoliei Moldovei de la înființarea sa cu patru secole mai devreme.
În noiembrie 1812, deja după anexarea Basarabiei, Mitropolitul român Gavril Bănulescu, stabilit în Basarabia, adresează Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Ruse un proiect de organizare a noii eparhii. Un an mai târziu, Biserica Ortodoxă Rusă hotărăște înființarea Eparhiei Chișinăului și Hotinului, cuprinzând 712 biserici în Basarabia și 100 de biserici în Transnistria, decizia fiind legiferată de ucazul de aprobare din 21 august al țarului Alexandru I. Ceva mai târziu, eparhia rusă în Basarabia a fost transformată în mitropolie, dar după moartea primului său conducător, mitropolitul transilvănean Gavriil Bănulescu-Bodoni, Moscova a retrogradat-o rapid la rangul de arhiepiscopie, statut pe care l-a menținut sub doisprezece conducători succesivi, toți loiali politicii țariste de rusificare a Basarabiei prin intermediul bisericii.
Evenimentele revoluției din 1917 din Rusia au deschis calea revenirii Basarabiei la spațiul său etno-cultural istoric. La 27 martie 1918, Sfatul Țării – organul reprezentativ al Basarabiei a votat pentru independența completă a ținutului românesc dintre Prut și Nistru față de Rusia și pentru unificarea cu România. Încorporarea politică a Basarabiei în România Mare a fost urmată de revenirea eparhiei basarabene la biserica națională în sânul Bisericii Ortodoxe Române. În scurt timp, Sinodul de la București a recunoscut eparhia Basarabiei ca parte a Bisericii Ortodoxe Române și a înființat arhiepiscopia Chișinăului și Hotinului în frunte cu Gurie Grosu ca arhiepiscop și ca membru al Sinodului Român. În aprilie 1928, eparhia Chișinăului și-a redobândit statutul de mitropolie, Basarabia la acel moment avea 1090 de biserici, fiecare cu preot propriu, iar Catedra de Teologie a Universității din Iași a înființat o filială la Chișinău în baza seminarului teologic local, iar alte două seminare teologice au fost înființate la Ismail și Edineț.
Revenirea la biserica națională românească a enoriașilor din Basarabia a fost un proces complicat și complex. Pe parcurs de un secol biserica rusă a lăsat o amprentă adâncă în mentalul religios al populației ținutului, începând de la limba rusă în care se ținea liturghia și până la calendarul religios. Pe această dimensiune mitropolitul Grosu a lansat o campanie pentru a se asigura că congregațiile ortodoxe ruse din Basarabia unită cu România adoptă calendarul gregorian românesc și slujesc în limba română. Ca reacție la campania lui Grosu, clerul rus din ținut și-a încurajat enoriașii să folosească calendarul iulian ortodox și s-a opus introducerii grafiei latine, văzută ca o inovație seculară non-ortodoxă. Însă Mitropolia Basarabiei fiind pusă sub jurisdicția Bisericii Ortodoxe Române și a Patriarhului acesteia cu reședința la București, a implementat cu tenacitate regulile vieții religioase caracteristice bisericii naționale.
După cedarea Basarabiei Uniunii Sovietice în iunie 1940, credincioșii ortodocși basarabeni au intrat din nou sub jurisdicția Moscovei, care s-a grăbit să degradeze mitropolia la statutul de episcopie și să numească în fruntea ei un cleric rus, Ieronim Zaharov. Pentru o scurtă perioadă între 1941 și 1944, Basarabia a revenit înapoi în România, dar sfârșitul celui de-al Doilea Război Mondial a dus la reanexarea sa de către Uniunea Sovietică, de data aceasta până la căderea imperiului sovietic. Odată ce Republica Sovietică Socialistă Moldova a luat ființă, Mitropolia Basarabiei a fost desființată, iar mulți dintre conducătorii și credincioșii ei au fost nevoiți să intre în clandestinitate sau să se refugieze în România. Proprietățile bisericii au fost confiscate de autoritățile sovietice sau au fost date Bisericii Ortodoxe Ruse, preoții au fost deportați sau uciși, iar bisericile au fost demolate sau transformate în depozite, restaurante, săli de expoziție și grajduri.
La încorporarea în Uniunea Sovietică, Republica Sovietică Socialistă Moldova a intrat sub jurisdicția legii religioase sovietice din 1929, care interzicea organizațiilor religioase orice activități sociale, caritabile sau educaționale sau să organizeze activități speciale pentru femei și tineri. În cadrul campaniei de rusificare, în Moldova sovietică au fost acordate funcții politice, de stat și academice membrilor unor grupuri etnice non-române, iar etnicii ruși și ucraineni au fost încurajați să emigreze în republică. Viața religioasă era supravegheată îndeaproape de autoritățile comuniste, iar reprezentantul Bisericii Ortodoxe Ruse în republică era responsabil de asigurarea aplicării corecte a legilor republicane și federale referitoare la viața religioasă de către administrația locală și de monitorizarea activității organizațiilor religioase locale. Participarea la activitatea bisericească a fost privită ca fiind contrară eforturilor oficiale de formare a homo sovieticus, iar cei care doreau să urmeze studii în teologie sau să fie hirotoniți preoți au fost intimidați. Activiștii de propagandă au vizitat frecvent orașele și satele pentru a se asigura că moldovenii sovietici și-au abandonat credința și practicile religioase.
