Proclamarea independenței și apariția statului suveran Republica Moldova la 27 august 1991, a creat o situație inedită în sfera funcționării bisericii ortodoxe în Moldova la Est de Prut. Astăzi în Republica Moldova există o singură confesiune ortodoxă, dar credincioșii sunt structurați în două entități bisericești. Una este cea canonică, e vorba de Mitropolia Basarabiei, aflată sub jurisdicția Patriarhiei Române și a doua, Mitropolia Chișinăului și a Întregii Moldove, aflată sub jurisdicția Patriarhiei de la Moscova. Acestea două entități s-au format în contextul destrămării URSS și a proclamării independenței Republicii Moldova.
Biserica ortodoxă din Moldova aflată sub jurisdicția Moscovei este organizată în forma mitropoliei cu denumire impusă de calapodul rusesc. Biserica ortodoxă rusă nu e a Rusiei, dar e a întregii Rusii. Termenul acesta a fost extins și asupra Bisericii din Republica Moldova, așa ajungându-se la titulatura ”Mitropolia Chișinăului și a Întregii Moldove”, ceea ce presupune niște pretenții de jurisdicție asupra unui teritoriu pe care Republica Moldova nu îl deține. Pe de altă parte, în România există Mitropolia Moldovei istorice, cu reședința la Iași, și care funcționează în cadrul Bisericii Ortodoxe Române, având în spațiul său teritoriul canonic de la 1401. Ba mai mult, ea este structura ecleziastică cu drepturi jurisdicționale asupra spațiului Basarabiei.
Pe 15 martie 1992, la reuniunea Întâistătătorilor Bisericilor Ortodoxe Surori desfășurată la Patriarhia Ecumenică din Constantinopol, Prea Fericitul Patriarh Teoctist și Sanctitatea Sa Patriarhul Moscovei și al Întregii Rusii, Alexei II au discutat problema reactivării Mitropoliei Basarabiei. Ca parte a Bisericii Ortodoxe Române. Pe 9 aprilie a aceluiași an, comunicatul ședinței Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române spunea: „Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române nu a recunoscut niciodată desființarea Mitropoliei Basarabiei, cu sediul la Chișinău și a Mitropoliei Bucovinei, cu sediul la Cernăuți. Patriarhia Română nu a acceptat și nu poate accepta niciodată consecințele nefaste ale pactului Ribbentrop-Molotov”.
Ca rezultat al deciziei Sfântului Sinod BOR , pe teritoriul Republicii Moldova a fost reactivată Mitropolia Basarabiei, care nu a fost recunoscută inițial de către guvernul de la Chișinău și a fost înregistrată oficial mai târziu, în 2002, în urma unei decizii impuse de CEDO. După această dată, între cele două Biserici s-a conservat un status-quo, în baza căruia, din punctul de vedere al numărului credincioșilor, dominantă este Mitropolia Chișinăului, în jurisdicția căreia se află circa 80% din bisericile și comunitățile religioase ortodoxe și doar în jur de 20% din enoriașii ortodocși fac parte din Mitropolia Basarabiei, cu tendință de creștere a numărului acestora.
Situația Bisericii Ortodoxe din Moldova nu este diferită de cea a Bisericii Ortodoxe din Estonia sau Ucraina și demonstrează că hegemonia Bisericii Ortodoxe Ruse asupra bisericilor ortodoxe din fostele republici sovietice s-a păstrat, chiar dacă este tot mai contestată. URSS s-a dezagregat politic, dar în planul organizării imperiului Bisericii Ortodoxe Ruse a rămas intact. Păstrarea dominației bisericii ruse asupra spațiului post-sovietic servește ca argument forte în favoarea existenții așa numitei „lumi ruse, spațiul căreia Moscova o revendică prin politicile sale neo-imperiale, pe care Patriarhia rusă o binecuvântează.
În Republica Moldova tot mai mulți credincioși și parohiile din care ei fac parte manifestă și realizează dorința de a se detașa de biserica rusă și de a reveni la biserica națională, cea românească. Îndeosebi această tendință s-a intensificat după agresiunea militară rusă împotriva Ucrainei, care este un război de cotropire binecuvântat de Patriarhul Moscovei, Kiril. În aceste condiții, brusc a crescut numărul credincioșilor și a preoților care abandonează Mitropolia Chișinăului subordonată Moscovei și trec la Mitropolia Basarabiei aparținând Patriarhiei Române. Doar pe parcursul ultimului an, din cauza justificării de către Biserica Ortodoxă Rusă a războiului criminal purtat de Rusia împotriva Ucrainei, zeci de parohii au părăsit Mitropolia Chișinăului și Întregii Moldove, parte a Bisericii Ortodoxe Ruse, și au aderat la Mitropolia Basarabiei, subordonată canonic Bisericii Ortodoxe Române.
După începerea agresiunii la scară largă a Rusiei împotriva Ucrainei, politica bisericească în teritoriul ex-sovietic a ajuns în impas. Asta doar pentru că Patriarhul Kiril, complet și indiscutabil, a susținut Kremlinul și pe Putin. Evident, acest lucru nu putea să nu se regăsească în percepția asupra Moscovei în cadrul statelor independente, inclusiv la nivelul bisericii. O reflectare a crizei imaginii bisericii ruse o reprezintă scrisoarea trimisă de Mitropolitul Moldovei Vladimir, în septembrie anul trecut, Patriarhului rus Kiril. În această scrisoare care a făcut multă vâlvă în spațiul public, mitropolitul Vladimir îi reproșa Patriarhului rus lipsa de sprijin „în condițiile consolidării tot mai evidente” a Bisericii Ortodoxe Române în Republica Moldova și îl informa că nu poate face nimic pentru a opri ascensiunea Mitropoliei Basarabiei, deoarece orice intervenție în interesul bisericii rusești, percepută în societate ca un avanpost al Kremlinului și un susținător al intervenției ruse în Ucraina, ar fi considerată „drept sabotaj antinațional”. Șeful bisericii ortodoxe de la Chișinău, subordonată Moscovei, i-a mai spus Patriarhului rus că „lumea rusă” este străină de valorile naționale ale moldovenilor și că „într-o perioadă scurtă Republica Moldova se va uni cu România”.
A urmat inițiativa a mai mulți preoți și credincioși din protopopiatul de Chișinău, care au solicitat Mitropolitului Vladimir , să se disocieze de mesajul pro-rus și să adere la Patriarhia Română. O adresare în acest sens a fost expediată Mitropoliei de către preotul și parohul bisericii Sfântul Dumitru din Chișinău, Pavel Borșevschi, care, printre altele, făcea trimitere la scrisoarea adresată Patriarhului Kiril, pe 5 septembrie 2023, de către Mitropolitul Vladimir, și în care se afirma „că poporul nostru de origine latină nu are nimic comun cu ”ruskii mir”, fapt ce ne dă curaj să credem că acum ca niciodată e momentul potrivit să reparăm greșelile istorice și să ne repunem în demnitatea furată de ocupația rusească.”
Însă după ședința Sinodul Mitropoliei Chișinăului convocată pentru a examina scrisoarea părintelui Pavel Borșevschi, parohul Bisericii „Sfântul Dumitru”, prin intermediul căreia s-a solicitat aderarea acestei structuri la Patriarhia Română, decizia nu a fost aprobată, iar subiectul aderării la Patriarhia Română „rămâne unul deschis”. Unii experți de la Chișinău, familiarizați cu detaliile discuțiilor pe margine acestui subiect în cadrul consiliului eparhial, au constat divizarea corpului preoțesc în trei grupuri aproximativ egale ca număr. Primul este reprezentat de adepții păstrării afilierii la Patriarhatul Moscovei, al doilea grup pledează autocefalia bisericii moldovenești și al treilea grup aderarea la Biserica Română.
De la începutul invaziei rusești în Ucraina, peste 50 de preoți parohi din Republica Moldova au trecut de la Mitropolia Moldovei la cea a Basarabiei. În ultimele luni încă 13 parohii au anunțat că ies de sub oblăduirea rusească și trec la Mitropolia Basarabiei, iar alți 50 de preoți ar fi gata să le urmeze exemplul. În acest fel, conflictul între două Mitropolii ortodoxe din Republica Moldova continuă într-o formă latentă, caracterezându-se prin creșterea încontinuu a numărului trecerii parohiilor de la Biserica Rusă la Biserica Română. Încercând să oprească acest proces de revitalizare a bisericii naționale românești în Republica Moldova, Mitropolitul Vladimir supus canonic Moscovei și Sinodul Bisericii Ortodoxe ruse din Moldova a caterisit preoții parohi care au aderat la Biserica Ortodoxă Română. De cealaltă parte, Mitropolia Basarabiei consideră caterisirea respectivilor preoți drept „nevalidă” din cauză că „nu are fundamentare reală din perspectivă teologică și canonică și are un repetat impact negativ asupra credincioșilor”.
